1995年以来，叶自强通过对民事诉讼法和证据法基础理论的深入研究，在民事证据法这一交叉学科领域独立地取得了一些重要成果。
第一，基本确立了民事证据的理论体系，开辟了证据法学研究的新领域。
1995年之前，人们侧重于刑事证据的研究。民事证据领域基本上是一片空白。为了改善这种状况，95年叶自强着手研究民事证据问题。经过5年的艰苦研究，99年终于完成了《民事证据研究》一书，并由法律出版社出版。2002年第二版对本书作了进一步完善。全书共17章。系统地探讨了民事证据的概念、发展历史和特征，民事证据与刑事证据的区别，以及司法认知、自认；推定、举证责任分配、伪证、法医学鉴定、自由心证等重要的证据规则。本书还对法律行为、法律事实、婚姻、继承、电子数据交换等方面的证据规则进行了深入探索，基本确立了民事证据的理论体系和研究范围。由于这一贡献，个别高校随后几年在民法和诉讼法专业，开设“民事证据”这一门新课程。
第二，提出了“现代自由心证”的概念，比较准确地阐明了现代自由心证与传统自由心证的区别，揭示了现代自由心证的特征和本质。1998年以前，自由心证理论的研究处于一种停滞状态。1998年起，叶自强通过历史的、比较的研究方法，发现自由心证具有深刻的时代特征，并可以1938年作为划分传统心证与现代心证的时间界限。传统心证具有秘密性和任意性；而现代心证则具有公开性和程序性。两者具有本质区别。这就为证据法的制定扫清了一个关键性的理论障碍，指明了明确方向。说明不但要采用自由心证的概念，而且应当追求现代自由心证的目标。
第三，发现了法院行为与法医行为之间的本质区别，为我国法医鉴定体制改革提供了重要理论依据。
建国以来，我国各级法院内部都设立了法医鉴定部门。同时，法医鉴定也存在着重重困难，迫切需要解决。1998年，叶自强着手研究这一问题，发现了法院与法医之间的本质区别。法院行为必须具有中立性，而法医行为则同时具有科学性和偏向性。法医行为的科学性要求它站在中立的立场，但法医行为是面向社会，为当事人一方服务的，因而难以避免偏向性。因此，如果将两种行为的主体集中在一个机关，就会产生许多难以克服的矛盾。这一发现不仅能够揭示和解释了法医鉴定活动的许多混乱状况的根源，而且为建构新型法医鉴定体制提供了理论根据。这项成果摘要被中国社科院《要报》发表。2004年，最高法院接受了这一的观点，已经将法医鉴定部门从机关编制中分离出去，成为独立的事业法人。最高法院还要求下级法院进行此项改革。2005年，全国人大常委会作出了《关于司法鉴定管理问题的决定》，完全采纳了这一观点：侦查机关根据侦查工作的需要设立的鉴定机构，不得面向社会接受委托从事司法鉴定业务。人民法院和司法行政部门不得设立鉴定机构。至此，半个多世纪来的司法鉴定体制问题的争论，在科学发现的指导下有了明确的答案。
第四，在深入研究举证责任的历史、理论和实践的基础上，创立了“举证责任分割理论”。
1900年以来，先后出现了两种重要的举证责任学说：一个是法律要件分类说，另一个是举证责任分层学说。前者是德国人罗森伯格1900年提出的，现在适用于德国、日本等大陆法国家。后者是美国学者柴尔和威格摩创立的，现在适用于英美法系国家和地区。这两种学说具有一个共同点，他们都是针对一般民事案件而言的。对特殊民事诉讼中的举证责任分担毫无办法，因为特殊民事诉讼是到上世纪50年代以后才出现的。上世纪50年代以后，出现了一些新的观点，比如危险领域说等，用来解决医疗事故、环境污染等诉讼，但是他们在理论上很不成熟，存在很多争议，实践中有很大局限性。因此，到目前为止，还没有一种理论能够真正解决特殊民事诉讼中的举证责任问题。
在我国，民事审判方式改革是1988年以后开始的。进入1990年代以后，也出现了特殊民事诉讼类型，最突出的是医疗责任事故所引起的诉讼。许多人都曾经讨论过这种诉讼中的举证责任问题，但是都未能从理论上找到一个好办法。正是基于上述背景，叶自强提出了“举证责任分割理论”。这项成果刊载于《中国法学》2004年第5期。在这篇论文中，不仅比较完整地论证了这种观点，而且对分割的方法及其分割后可能出现的种种问题都进行了细致分析，提出了解决的方法，形成了一种比较系统的理论和方法。它对于处理诸如医疗事故、环境污染事故等特殊民事领域中的纠纷，以及特殊的刑事案件（如巨额财产来源不明案件）、行政诉讼案件，从证据学的理论和技术层面，提供了充分的支持理论和方法支持。
第五，深入发掘了英美法系证明责任分层理论，并将这种理论与罗森伯格的法律要件分类说进行了细致比较，得出了一个明确的结论：“英美举证责任分层理论”在理论上更为系统和完善，在方法上更便于审判人员操作。因此，在制定证据法的时候，我国应该以这种理论作为制定举证责任及其分配的有关条款的基础。
