1、在刑事诉讼程序的价值问题上，左卫民教授认为，一切形态的刑事诉讼制度中都蕴含着两种基本的价值追求：一是以保护社会的一般利益为表征的安全价值，二是以保障个体性利益为表征的自由价值；刑事诉讼既是安全的保障，又是自由的载体；在二者的关系上，不应过分偏重某一特定价值，但是对自由价值的适度偏重应当是未来刑事诉讼价值观的必然选择。
　　2、在中国刑事诉讼制度改革问题的研究上，左卫民教授通过对1996年以后中国刑事诉讼立法和司法实践的深入剖析和反思，认为新刑事诉讼法未能得到很好的执行，主要是因为人们没有厘清对刑事程序价值的认识，对诸如权利如何保障、诉讼制度的实现条件等问题没有获得一个系统的、清晰的认识，以及对国外的司法制度及其发展趋势缺乏全面系统的了解和宏观深入的把握。基于此，左卫民教授提出：中国刑事诉讼制度的未来改革应当将人权保障的根本目标确定化，但是在诉讼模式上并非必须完全英美化，或许更应借鉴当代大陆法系的做法和成功经验；这种改革应当是一个目标坚定、过程渐进，有建构理性，更注重演进理性，不仅推动刑事诉讼制度自身的改革，还同时推动其他制度共进的一个全新的、系统的工程。
　　3、左卫民教授提出了司法之主体性理念的观点，即在司法制度的建构和运作中，尊重公民和当事人的意愿、保障其权利和自由，维护其尊严，让其发挥决定、支配和主导作用，避免沦为客体的司法价值观。左卫民教授以司法的主体性理念为标准，对我国当前的司法制度及其改革进行了深刻地剖析，认为目前首要的问题是在价值追求上未确立“以人为本”、服务公民的司法主体性理念；而相应的事关主体性保障的制度或匮乏或乏力。因此，司法制度设计和改革首先要求在观念层面上应当鲜明地将主体性理念作为其出发点和落脚点；其次应当进行制度规范的建构和改革，以保障司法主体性理念的践行。
　　4、法院是目前我国司法改革的重要场域，左卫民教授借用现代化理论，运用“理想类型”、功能主义和比较等多种研究方法，以法理学、政治学和社会学等多学科知识为学术背景，对法院制度进行了深入的研究，提出了传统型法院和现代型法院的理论范畴，并通过具体的考察和分析揭示了一个相关的命题，即在世界范围内所存在的这两种法院制度整体形态差异较大，而由传统型法院向现代型法院的转化乃是不可阻挡的趋势，中国的法院制度也走着同样的道路；并就中国法院制度的改革，提出了“整体的理解，渐进地推行”的基本指导观念，即应当既有整体性的制度设计思路，又要从解决最基本的具体问题入手。
　　5、在刑事诉讼法学的研究方法上，左卫民教授认为未来的刑事诉讼理论研究应当继续倡扬个性，鼓励多元思维，拒绝平庸和媚俗倾向，“百花齐放，百家争鸣”；既往的注释、比较和实证等研究方法必不可少，但同时更应侧重多学科、多背景的法哲学、法社会学研究方法，将多元研究进一步引向深入。