刑事诉讼法学基础理论研究方面：

1.刑事诉讼价值及其平衡原理研究。提出刑事诉讼的价值是多元的，在多元价值之间应当寻求一种总体上的平衡，我们应当反对那种买椟还珠式程序至上观。2. 刑事诉讼总体构造研究。对于刑事诉讼总体结构进行研究，探讨了权力行使型结构的弊病，提出将我国刑事诉讼结构由权力行使型转向权力抑制型。3.审判方式的文化分析。就英美对抗制诉讼的本质、思想基础、诉讼传统、文化背景和人性取向以及基本构造进行了有深度的分析，提出了自己独到的见解。提出采对抗制之精华，补我诉讼之血气，同时指出我国和合性文化与英美国家文化的差异，提出引入司法竞技主义必须注意其文化适应性,避免使诉讼流入游戏化，并对借鉴英美对抗制诉讼提出具体建议，包括取法对抗制的精神、诉讼结构和技术等。4.  证据法基础理论研究。1、对实质真实发现主义进行研究，提出从积极到消极实质真实发现主义转变；2、对法律真实论与客观真实论分析，指出：法律真实论与客观真实论是学术上一种基本主张，法律真实论对司法者追求案件真相的内在动力产生了消解作用。揭示了法律真实论与客观真实论在观点上的真正差异，对于诉讼中能否发现真相、是否应当发现真相、采取主观证明标准还是客观证明标准等，提出了较有深度的论证。

关于刑事司法制度改革方面：

1.主张扩大刑事被追诉者的权利保障，赋予其反对强迫自证其罪的特权、确立自白任意性规则，实行强制辩护制度，确立禁止双重危险的原则，给被追诉者以知情权保障。还特别建议加强对老年人权益的特殊保障。2.主张弱化口供在建立证据证明体系中的作用，立法补充规定知情人的作证义务和免证特权，就司法鉴定制度改革提出建议并对测谎结果的证据能力提出了自己的见解。 3.主张实行令状制度，建议确立人身保护令制度，加强对侦查权的司法控制，并优化诉讼结构。4.围绕自由裁量权问题对裁量不起诉进行分析，指出我国不起诉制度在立法设计和司法运作中存在的问题，建议借鉴准起诉程序，增设附条件不起诉制度，并在检察一体化原则下赋予检察官一定的独立性。5.对司法克制与法官能动的功能进行分析，提出完善民众参与司法的机制和复级审理制度，对于死刑案件应当增设赦免程序。在法庭调查方式上，对于交叉询问制度的机理与应用进行了研究。至于普通程序简易化审理和辩诉交易的做法，作者提出了不同意见，提出程序法定原则在这两个环节被违反。

关于错案的研究方面:

1.对一些冤错案件进行研究，揭示我国错案的成因，并与其他国家作比较。2.对于被追诉者人权保障的意义进行探讨，揭示刑事诉讼现代性的标志之一是存在两大假设：无辜者假设和涉讼人假设。3.揭示刑讯的心理原因，提出遏制刑讯，应当成为刑事司法改革的第一要务。4.提出根治刑讯的“鸡尾酒”疗法。