1978年底召开的十一届三中全会实现了党和国家历史上的伟大转折，也使本人获得了新生。从1979年起，开始从事法学理论研究，当年在《人民日报》和《民主和法制》发表了两篇颇有影响的学术论文：《怎样理解“在法律面前人人平等”？》和《加强党的领导，依法独立办案》。其后的几年，在法理学、法律史学、宪法学、刑法学和刑事诉讼法学以及哲学、政治学等几个学科陆续发表若干篇有分量的论文，在法学界和理论界产生了一定的影响。1987年正式加入诉讼法学研究会，1991年在银川会议上当选为诉讼法学研究会副总干事（后改为副会长），其后主要从事刑事诉讼法学的教学研究工作。
　　在过去的二十余年，主持两项国家社科基金项目：《刑事证据的理论与实践》和《毒品犯罪的发展趋势与遏制对策》，主编《刑事诉讼法学》、《刑事证据学》等13步教材，在全国70余种报刊、杂志、学报上陆续发表200余篇学术论文。
　　崔敏教授，从事法学教育工作四十年，在法学理论研究方面颇有建树，尤其是在刑事诉讼法学研究方面成就突出，已经出版的专著、教材和发表的论文总计44余万字。参加了刑事诉讼法修改研讨的全过程，本人提出取消收容审查、废除免诉制度、增强辩护职能、改革庭审方式、废止“9.2决定”等若干建议，均被修改立法所采纳。主要学术观点如下：
　　1、 主张坚持和全面落实“法律面前人人平等”，反对任何形式的特权和歧视。
　　2、 主张改善党对政法工作的领导，废除党委审批案件和政法委员会协调定案的制度，保证司法机关依法独立办案。
　　3、 主张坚持慎刑慎杀的方针，大幅度减少死刑，落实刑事诉讼法规定的死刑复核程序，严禁乱杀和避免错杀。
　　4、 主张废止1983年通过的速杀快杀的《9·2决定》（此建议已被立法机关采纳。1996年修改刑事诉讼法将其废止）
　　5、 主张坚持“重证据，重调查研究，严禁刑讯逼供”的方针，坚决纠正普遍存在的刑讯逼供和司法腐败现象，以维护公安、司法机关的崇高形象。
　　6、 主张健全刑事强制措施制度，取消“收容审查”（此建议已被立法机关采纳。1996年修改刑事诉讼法已将其取消）。
　　7、 指陈“免予起诉”制度的弊端，力主废除该制度（此建议已被立法机关采纳。1996年修改刑事诉讼法已将其废除）。
　　8、 主张全面实现由“人治”向“法治”的转变，坚持和实现“依法治国”的治国方略。
　　9、 指出我国现行司法制度中存在着“体制不顺、队伍不精、作风不正、执法不严、监督不灵、裁判不公”等六个方面的弊端，建议分阶段地实施司法改革。
　　10、 建议改革“一府两院”的国家机构设置，调整人民法院和人民检察院“两大司法机关”并行的格局，对检察体制进行改革。改革的办法是：第一，把反贪局从人民检察院中分离出来，与中纪委、监察部合并，组成“廉政公署”，称为与公安机关、国家安全机关并列的第三个侦查机关，其侦查活动受人民检察院的监督；第二，将人民检察院并入司法部，由司法部长兼任总检察长，主要承担控诉的职能，以理顺诉讼法律关系。
　　11、 主张把禁毒列为重要国策，切实加强对禁毒工作的领导，健全禁毒机构，增加禁毒经费，认真搞好禁毒队伍建设，加强禁毒国际合作，坚决遏制毒品的祸害。